Effectiveness of molecular fingerprints for exploring the chemical space of natural products

Table 4 Distribution statistics for the pairwise Jaccard-Tanimoto similarity scores obtained by each fingerprint across all batches of the COCONUT dataset

Fingerprint	Minimum	25th percentile	50th percentile	75th percentile	Maximum
MAP4	0.000	0.002	0.011	0.026	0.067
LSTAR	0.026	0.039	0.048	0.059	0.080
MHFP	0.000	0.028	0.052	0.082	0.141
TT	0.000	0.023	0.055	0.103	0.212
ASP	0.020	0.043	0.064	0.090	0.140
DFS	0.026	0.054	0.077	0.107	0.169
ECFP	0.046	0.082	0.108	0.137	0.190
LINGO	0.018	0.065	0.114	0.173	0.279
RAD2D	0.047	0.087	0.118	0.154	0.226
FCFP	0.053	0.099	0.139	0.186	0.275
Daylight	0.059	0.111	0.171	0.249	0.404
AP	0.042	0.113	0.184	0.267	0.399
KR	0.047	0.125	0.210	0.317	0.504
RDKIT	0.062	0.166	0.261	0.371	0.550
Avalon	0.084	0.211	0.326	0.467	0.648
PubChem	0.167	0.294	0.396	0.516	0.706
MACCS	0.168	0.313	0.410	0.511	0.667
ESTATE	0.186	0.364	0.500	0.615	0.799
PH3	0.036	0.322	0.638	0.830	0.952
PH2	0.228	0.500	0.875	1.000	1.000

ISSN: 1758-2946