Journal of Cheminformatics

Table 4 Summary statistics per-AID for color-Tanimoto (CT) optimized 3-D similarity.

From: PubChem3D: Biologically relevant 3-D similarity

	XT=ST^CT-opt			XT=CT^CT-opt			XT=ComboT^CT-opt
	Y=NN	Y=NI	Y=NN-NI	Y=NN	Y=NI	Y=NN-NI	Y=NN	Y=NI	Y=NN-NI
μ[μ(XT _Y )]
Screening	0.44	0.43	0.01	0.20	0.19	0.01	0.64	0.62	0.02
Confirmatory	0.46	0.44	0.02	0.21	0.20	0.02	0.67	0.64	0.04
Summary	0.57	0.54	0.03	0.43	0.37	0.07	1.00	0.90	0.10
Other	0.46	0.43	0.03	0.23	0.20	0.03	0.68	0.62	0.06
Unspecified	0.44	0.44	0.00	0.17	0.16	0.00	0.61	0.60	0.00
All	0.45	0.44	0.02	0.21	0.19	0.01	0.66	0.63	0.03
σ[μ(XT _Y )]
Screening	0.05	0.03	0.03	0.04	0.04	0.02	0.08	0.07	0.05
Confirmatory	0.07	0.05	0.04	0.08	0.05	0.05	0.14	0.09	0.08
Summary	0.18	0.14	0.07	0.26	0.19	0.10	0.43	0.33	0.15
Other	0.07	0.07	0.04	0.07	0.06	0.04	0.13	0.12	0.08
Unspecified	0.03	0.02	0.03	0.02	0.02	0.02	0.05	0.03	0.04
All	0.06	0.05	0.04	0.07	0.05	0.04	0.13	0.09	0.07
μ[σ(XT _Y )]
Screening	0.12	0.12	0.00	0.08	0.06	0.00	0.17	0.15	0.01
Confirmatory	0.13	0.13	0.01	0.10	0.08	0.01	0.21	0.18	0.01
Summary	0.16	0.15	0.03	0.17	0.16	0.04	0.32	0.29	0.07
Other	0.13	0.12	0.01	0.11	0.08	0.01	0.22	0.17	0.01
Unspecified	0.15	0.14	0.01	0.10	0.09	0.00	0.21	0.20	0.01
All	0.13	0.13	0.01	0.09	0.08	0.01	0.20	0.17	0.01
σ[σ(XT _Y )]
Screening	0.02	0.01	0.01	0.03	0.02	0.01	0.05	0.04	0.02
Confirmatory	0.03	0.02	0.01	0.05	0.04	0.02	0.07	0.06	0.03
Summary	0.08	0.05	0.05	0.11	0.08	0.05	0.19	0.12	0.10
Other	0.03	0.03	0.01	0.06	0.04	0.01	0.08	0.07	0.02
Unspecified	0.02	0.01	0.01	0.03	0.02	0.00	0.04	0.02	0.01
All	0.03	0.02	0.01	0.05	0.04	0.01	0.07	0.05	0.03

The overall average (μ) and standard deviation (σ) of the AID-specific average and standard deviation for noninactive-noninactive (NN) pairs and noninactive-inactive (NI) pairs of 1,389 AIDs in the PubChem BioAssay database.

Back to article page

ISSN: 1758-2946

Contact us

Submission enquiries: journalsubmissions@springernature.com