Skip to main content

Advertisement

Table 4 Summary statistics for per-AID shape-Tanimoto (ST)-optimized 3-D similarity

From: Effects of multiple conformers per compound upon 3-D similarity search and bioassay data analysis

Assay type STST-opt CTST-opt ComboTST-opt
  Single All Best Single All Best Single All Best
μ[μ(XT)]          
Primary 0.58 0.57 0.68 0.10 0.09 0.20 0.68 0.65 0.84
Confirmatory 0.59 0.57 0.68 0.12 0.10 0.21 0.71 0.67 0.86
Summary 0.63 0.60 0.72 0.23 0.18 0.34 0.86 0.78 1.02
Other 0.58 0.57 0.67 0.11 0.08 0.21 0.68 0.65 0.84
Unspecified 0.56 0.56 0.62 0.07 0.07 0.13 0.63 0.62 0.73
All assays 0.58 0.57 0.68 0.11 0.09 0.20 0.70 0.66 0.85
Random 0.54 0.54 0.65 0.07 0.07 0.16 0.62 0.61 0.77
σ[μ(XT)]          
Primary 0.04 0.03 0.04 0.06 0.03 0.09 0.09 0.05 0.12
Confirmatory 0.06 0.05 0.06 0.11 0.05 0.13 0.16 0.09 0.18
Summary 0.11 0.09 0.09 0.20 0.15 0.21 0.31 0.24 0.30
Other 0.06 0.05 0.06 0.07 0.04 0.12 0.12 0.08 0.18
Unspecified 0.04 0.04 0.04 0.03 0.02 0.03 0.06 0.05 0.06
All assays 0.06 0.04 0.06 0.09 0.05 0.11 0.14 0.09 0.17
μ[σ(XT)]          
Primary 0.10 0.09 0.09 0.08 0.07 0.08 0.15 0.14 0.14
Confirmatory 0.11 0.10 0.10 0.10 0.09 0.11 0.19 0.16 0.18
Summary 0.11 0.09 0.09 0.16 0.13 0.15 0.25 0.20 0.22
Other 0.11 0.10 0.11 0.10 0.08 0.11 0.19 0.16 0.19
Unspecified 0.14 0.13 0.15 0.09 0.08 0.10 0.20 0.18 0.21
All assays 0.11 0.10 0.10 0.10 0.08 0.10 0.18 0.16 0.18
Random 0.10 0.09 0.10 0.05 0.05 0.06 0.13 0.12 0.13
σ[σ(XT)]          
Primary 0.02 0.01 0.01 0.05 0.03 0.04 0.07 0.03 0.05
Confirmatory 0.02 0.02 0.03 0.06 0.04 0.06 0.08 0.05 0.07
Summary 0.04 0.01 0.03 0.10 0.06 0.08 0.14 0.06 0.10
Other 0.03 0.02 0.03 0.06 0.04 0.05 0.07 0.04 0.07
Unspecified 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.04 0.04 0.04 0.05
All assays 0.03 0.02 0.03 0.06 0.04 0.05 0.08 0.05 0.07
  1. The overall average and standard deviation of the AID-specific average and standard deviation as a function of search scenario and per assay type classifier. “All assays” corresponds to all assays irrespective of assay type. “Random” corresponds to the 10-K set results found from Table 3 as a means of comparison. “Single”, “All”, and “Best” correspond to search scenarios “A”, “B”, and “E” in Table 1, respectively.