Skip to main content

Table 3 Summary of the partial metrics associated to the thresholds we selected manually from the virtual screens performed using ICM

From: Predictiveness curves in virtual screening

Target

ICM—manual thresholds

Rank threshold

Activity threshold

pTG

pAUC

EF

Score

Actives

Cpds

ACE

0.49

0.14

0.166

0.136

26.37

−31.64

7

10

ACHE

ADA

ALR2

0.49

0.11

0.118

0.038

6.54

−31.46

1

6

AMPC

AR

CDK2

1.30

0.18

0.231

0.059

10.28

−29.72

10

29

COMT

COX-1

0.53

0.14

0.165

0.050

12.48

–29.72

2

6

COX-2

DHFR

0.38

0.16

0.148

0.018

5.04

−30.36

8

34

EGFR

0.93

0.16

0.179

0.101

18.79

−33.60

84

155

ER ago

1.63

0.20

0.252

0.197

19.68

−31.57

22

44

ER antago

1.01

0.10

0.157

0.062

14.30

−34.06

6

16

FGFR1

FXA

0.59

0.12

0.140

0.067

14.57

−33.80

13

36

GART

2.50

0.25

0.293

0.142

11.49

−52.17

12

24

GPB

0.50

0.19

0.240

0.010

7.03

−35.50

2

12

GR

HIVPR

HIVRT

HMGR

0.99

0.14

0.454

0.257

29.76

−26.21

11

16

HSP90

INHA

MR

1.54

0.12

0.185

0.400

23.67

−29.12

6

11

NA

4.11

0.15

0.385

0.580

18.15

−22.69

37

80

P38

PARP

1.44

0.14

0.162

0.015

3.77

−36.20

2

21

PDE5

1.98

0.20

0.232

0.151

10.06

−28.00

18

42

PNP

PPAR

1.53

0.16

0.237

0.146

15.87

−42.49

21

50

PR

RXR

SAHH

SRC

0.83

0.17

0.220

0.082

14.82

−35.14

20

55

THR

1.58

0.17

0.236

0.050

6.85

−26.85

8

41

TK

TRP

VEGFR2

Minimum

0.38

0.10

0.118

0.010

3.77

−52.17

1

6

Maximum

4.11

0.25

0.454

0.580

29.76

−22.69

84

155

Mean

1.28

0.16

0.221

0.135

14.19

−32.65

15

36

Median

1.01

0.16

0.220

0.082

14.30

−31.57

10

29