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Table 1 Recalls (R), specificity (Sp) and MCC values obtained using the SB approach, the LB approach and the combination of SB and LB approaches (SBLB) for each NRLiSt BDB dataset

From: Discriminating agonist and antagonist ligands of the nuclear receptors using 3D-pharmacophores

  SB approach LB approach SBLB approach
R Sp MCC R Sp MCC R Sp MCC
AR_agonist_ligands 0.683 1.000 0.738 0.889 1.000 0.903 1.000 1.000 1.000
AR_antagonist_ligands 0.000 1.000 ND 1.000 1.000 1.000 1.000 1.000 1.000
CAR_agonist_ligands 0.121 1.000 0.088 1.000 1.000 1.000 1.000 1.000 1.000
CAR_antagonist_ligands 0.000 1.000 ND 1.000 1.000 1.000 1.000 1.000 1.000
ER_alpha_agonist_ligands 0.695 1.000 0.595 0.972 1.000 0.945 1.000 1.000 1.000
ER_alpha_antagonist_ligands 0.412 1.000 0.589 0.890 1.000 0.927 0.993 1.000 0.995
ER_beta_agonist_ligands 0.663 1.000 0.478 0.919 1.000 0.795 1.000 1.000 1.000
ER_beta_antagonist_ligands 0.074 1.000 0.251 0.868 1.000 0.921 1.000 1.000 1.000
ERR_alpha_agonist_ligands 0.308 1.000 0.277 1.000 1.000 1.000 1.000 1.000 1.000
ERR_alpha_antagonist_ligands 0.000 1.000 ND 1.000 1.000 1.000 1.000 1.000 1.000
FXR_alpha_agonist_ligands 0.584 1.000 0.319 0.984 1.000 0.914 1.000 1.000 1.000
FXR_alpha_antagonist_ligands 0.000 1.000 ND 1.000 1.000 1.000 1.000 1.000 1.000
GR_agonist_ligands 0.317 1.000 0.453 0.986 1.000 0.988 1.000 1.000 1.000
GR_antagonist_ligands 0.112 1.000 0.230 0.995 1.000 0.994 0.995 1.000 0.994
LXR_alpha_agonist_ligands 0.425 1.000 0.324 0.996 1.000 0.988 0.996 1.000 0.988
LXR_alpha_antagonist_ligands 0.000 1.000 ND 1.000 1.000 1.000 1.000 1.000 1.000
LXR_beta_agonist_ligands 0.682 1.000 0.406 0.992 1.000 0.972 0.995 1.000 0.986
LXR_beta_antagonist_ligands 0.000 1.000 ND 1.000 1.000 1.000 1.000 1.000 1.000
MR_agonist_ligands 0.556 1.000 0.735 0.889 1.000 0.940 1.000 1.000 1.000
MR_antagonist_ligands 0.152 1.000 0.102 1.000 1.000 1.000 1.000 1.000 1.000
PPAR_alpha_agonist_ligands 0.851 1.000 0.166 0.999 1.000 0.935 1.000 1.000 1.000
PPAR_alpha_antagonist_ligands 0.000 1.000 ND 1.000 1.000 1.000 1.000 1.000 1.000
PPAR_beta_agonist_ligands 0.634 1.000 0.137 1.000 1.000 1.000 1.000 1.000 1.000
PPAR_beta_antagonist_ligands 0.000 1.000 ND 1.000 1.000 1.000 1.000 1.000 1.000
PPAR_gamma_agonist_ligands 0.982 1.000 0.464 0.933 1.000 0.253 1.000 1.000 1.000
PPAR_gamma_antagonist_ligands 0.000 1.000 ND 1.000 1.000 1.000 1.000 1.000 1.000
PR_agonist_ligands 0.078 1.000 0.231 0.951 1.000 0.958 0.966 1.000 0.969
PR_antagonist_ligands 0.179 1.000 0.261 0.994 1.000 0.992 0.998 1.000 0.997
PXR_agonist_ligands 0.720 1.000 0.379 0.960 1.000 0.782 1.000 1.000 1.000
PXR_antagonist_ligands 0.000 1.000 ND 1.000 1.000 1.000 1.000 1.000 1.000
RAR_alpha_agonist_ligands 0.508 1.000 0.506 0.970 1.000 0.956 0.977 1.000 0.967
RAR_alpha_antagonist_ligands 0.606 1.000 0.712 1.000 1.000 1.000 1.000 1.000 1.000
RAR_beta_agonist_ligands 0.277 1.000 0.262 1.000 1.000 1.000 1.000 1.000 1.000
RAR_beta_antagonist_ligands 0.000 1.000 ND 1.000 1.000 1.000 1.000 1.000 1.000
RAR_gamma_agonist_ligands 0.705 1.000 0.647 1.000 1.000 1.000 0.992 1.000 0.988
RAR_gamma_antagonist_ligands 0.000 1.000 ND 1.000 1.000 1.000 1.000 1.000 1.000
ROR_alpha_agonist_ligands 0.333 1.000 0.537 1.000 1.000 1.000 1.000 1.000 1.000
ROR_alpha_antagonist_ligands 0.308 1.000 0.277 1.000 1.000 1.000 1.000 1.000 1.000
ROR_gamma_agonist_ligands 0.571 1.000 0.571 1.000 1.000 1.000 1.000 1.000 1.000
ROR_gamma_antagonist_ligands 0.250 1.000 0.418 1.000 1.000 1.000 1.000 1.000 1.000
RXR_alpha_agonist_ligands 0.900 1.000 0.881 0.948 1.000 0.935 1.000 1.000 1.000
RXR_alpha_antagonist_ligands 0.015 1.000 0.097 0.985 1.000 0.988 1.000 1.000 1.000
RXR_beta_agonist_ligands 0.923 1.000 0.734 0.985 1.000 0.928 1.000 1.000 1.000
RXR_beta_antagonist_ligands 0.000 1.000 ND 1.000 1.000 1.000 1.000 1.000 1.000
RXR_gamma_agonist_ligands 0.000 1.000 ND 1.000 1.000 1.000 1.000 1.000 1.000
RXR_gamma_antagonist_ligands 0.000 1.000 ND 1.000 1.000 1.000 1.000 1.000 1.000
SF1_agonist_ligands 0.000 1.000 ND 1.000 1.000 1.000 1.000 1.000 1.000
SF1_antagonist_ligands 0.000 1.000 ND 1.000 1.000 1.000 1.000 1.000 1.000
TR_alpha_agonist_ligands 0.913 1.000 0.821 0.884 1.000 0.775 1.000 1.000 1.000
TR_alpha_antagonist_ligands 0.000 1.000 ND 1.000 1.000 1.000 1.000 1.000 1.000
TR_beta_agonist_ligands 0.935 1.000 0.837 0.948 1.000 0.865 1.000 1.000 1.000
TR_beta_antagonist_ligands 0.000 1.000 ND 1.000 1.000 1.000 1.000 1.000 1.000
VDR_agonist_ligands 0.562 1.000 0.508 0.992 1.000 0.985 1.000 1.000 1.000
VDR_antagonist_ligands 0.000 1.000 ND 1.000 1.000 1.000 1.000 1.000 1.000
  1. When the number of true positives was equal to 0, the MCC value was qualified as not determined (ND)