Table 1 Recalls (R), specificity (Sp) and MCC values obtained using the SB approach, the LB approach and the combination of SB and LB approaches (SBLB) for each NRLiSt BDB dataset
From: Discriminating agonist and antagonist ligands of the nuclear receptors using 3D-pharmacophores
SB approach | LB approach | SBLB approach | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
R | Sp | MCC | R | Sp | MCC | R | Sp | MCC | |
AR_agonist_ligands | 0.683 | 1.000 | 0.738 | 0.889 | 1.000 | 0.903 | 1.000 | 1.000 | 1.000 |
AR_antagonist_ligands | 0.000 | 1.000 | ND | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 |
CAR_agonist_ligands | 0.121 | 1.000 | 0.088 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 |
CAR_antagonist_ligands | 0.000 | 1.000 | ND | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 |
ER_alpha_agonist_ligands | 0.695 | 1.000 | 0.595 | 0.972 | 1.000 | 0.945 | 1.000 | 1.000 | 1.000 |
ER_alpha_antagonist_ligands | 0.412 | 1.000 | 0.589 | 0.890 | 1.000 | 0.927 | 0.993 | 1.000 | 0.995 |
ER_beta_agonist_ligands | 0.663 | 1.000 | 0.478 | 0.919 | 1.000 | 0.795 | 1.000 | 1.000 | 1.000 |
ER_beta_antagonist_ligands | 0.074 | 1.000 | 0.251 | 0.868 | 1.000 | 0.921 | 1.000 | 1.000 | 1.000 |
ERR_alpha_agonist_ligands | 0.308 | 1.000 | 0.277 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 |
ERR_alpha_antagonist_ligands | 0.000 | 1.000 | ND | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 |
FXR_alpha_agonist_ligands | 0.584 | 1.000 | 0.319 | 0.984 | 1.000 | 0.914 | 1.000 | 1.000 | 1.000 |
FXR_alpha_antagonist_ligands | 0.000 | 1.000 | ND | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 |
GR_agonist_ligands | 0.317 | 1.000 | 0.453 | 0.986 | 1.000 | 0.988 | 1.000 | 1.000 | 1.000 |
GR_antagonist_ligands | 0.112 | 1.000 | 0.230 | 0.995 | 1.000 | 0.994 | 0.995 | 1.000 | 0.994 |
LXR_alpha_agonist_ligands | 0.425 | 1.000 | 0.324 | 0.996 | 1.000 | 0.988 | 0.996 | 1.000 | 0.988 |
LXR_alpha_antagonist_ligands | 0.000 | 1.000 | ND | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 |
LXR_beta_agonist_ligands | 0.682 | 1.000 | 0.406 | 0.992 | 1.000 | 0.972 | 0.995 | 1.000 | 0.986 |
LXR_beta_antagonist_ligands | 0.000 | 1.000 | ND | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 |
MR_agonist_ligands | 0.556 | 1.000 | 0.735 | 0.889 | 1.000 | 0.940 | 1.000 | 1.000 | 1.000 |
MR_antagonist_ligands | 0.152 | 1.000 | 0.102 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 |
PPAR_alpha_agonist_ligands | 0.851 | 1.000 | 0.166 | 0.999 | 1.000 | 0.935 | 1.000 | 1.000 | 1.000 |
PPAR_alpha_antagonist_ligands | 0.000 | 1.000 | ND | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 |
PPAR_beta_agonist_ligands | 0.634 | 1.000 | 0.137 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 |
PPAR_beta_antagonist_ligands | 0.000 | 1.000 | ND | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 |
PPAR_gamma_agonist_ligands | 0.982 | 1.000 | 0.464 | 0.933 | 1.000 | 0.253 | 1.000 | 1.000 | 1.000 |
PPAR_gamma_antagonist_ligands | 0.000 | 1.000 | ND | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 |
PR_agonist_ligands | 0.078 | 1.000 | 0.231 | 0.951 | 1.000 | 0.958 | 0.966 | 1.000 | 0.969 |
PR_antagonist_ligands | 0.179 | 1.000 | 0.261 | 0.994 | 1.000 | 0.992 | 0.998 | 1.000 | 0.997 |
PXR_agonist_ligands | 0.720 | 1.000 | 0.379 | 0.960 | 1.000 | 0.782 | 1.000 | 1.000 | 1.000 |
PXR_antagonist_ligands | 0.000 | 1.000 | ND | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 |
RAR_alpha_agonist_ligands | 0.508 | 1.000 | 0.506 | 0.970 | 1.000 | 0.956 | 0.977 | 1.000 | 0.967 |
RAR_alpha_antagonist_ligands | 0.606 | 1.000 | 0.712 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 |
RAR_beta_agonist_ligands | 0.277 | 1.000 | 0.262 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 |
RAR_beta_antagonist_ligands | 0.000 | 1.000 | ND | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 |
RAR_gamma_agonist_ligands | 0.705 | 1.000 | 0.647 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 0.992 | 1.000 | 0.988 |
RAR_gamma_antagonist_ligands | 0.000 | 1.000 | ND | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 |
ROR_alpha_agonist_ligands | 0.333 | 1.000 | 0.537 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 |
ROR_alpha_antagonist_ligands | 0.308 | 1.000 | 0.277 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 |
ROR_gamma_agonist_ligands | 0.571 | 1.000 | 0.571 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 |
ROR_gamma_antagonist_ligands | 0.250 | 1.000 | 0.418 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 |
RXR_alpha_agonist_ligands | 0.900 | 1.000 | 0.881 | 0.948 | 1.000 | 0.935 | 1.000 | 1.000 | 1.000 |
RXR_alpha_antagonist_ligands | 0.015 | 1.000 | 0.097 | 0.985 | 1.000 | 0.988 | 1.000 | 1.000 | 1.000 |
RXR_beta_agonist_ligands | 0.923 | 1.000 | 0.734 | 0.985 | 1.000 | 0.928 | 1.000 | 1.000 | 1.000 |
RXR_beta_antagonist_ligands | 0.000 | 1.000 | ND | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 |
RXR_gamma_agonist_ligands | 0.000 | 1.000 | ND | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 |
RXR_gamma_antagonist_ligands | 0.000 | 1.000 | ND | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 |
SF1_agonist_ligands | 0.000 | 1.000 | ND | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 |
SF1_antagonist_ligands | 0.000 | 1.000 | ND | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 |
TR_alpha_agonist_ligands | 0.913 | 1.000 | 0.821 | 0.884 | 1.000 | 0.775 | 1.000 | 1.000 | 1.000 |
TR_alpha_antagonist_ligands | 0.000 | 1.000 | ND | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 |
TR_beta_agonist_ligands | 0.935 | 1.000 | 0.837 | 0.948 | 1.000 | 0.865 | 1.000 | 1.000 | 1.000 |
TR_beta_antagonist_ligands | 0.000 | 1.000 | ND | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 |
VDR_agonist_ligands | 0.562 | 1.000 | 0.508 | 0.992 | 1.000 | 0.985 | 1.000 | 1.000 | 1.000 |
VDR_antagonist_ligands | 0.000 | 1.000 | ND | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 |