Table 1 The average accuracies of our MODPEP method in reproducing protein-bound conformations for the peptides with different lengths when various ensemble sizes were considered

11

0.05

0.04

0.04

0.04

0.04

0.04

0.03

0.03

43

0.27

0.23

0.22

0.21

0.20

0.19

0.16

0.14

32

0.59

0.50

0.47

0.45

0.43

0.40

0.36

0.33

47

0.96

0.78

0.71

0.65

0.64

0.61

0.55

0.52

49

1.23

1.08

0.98

0.96

0.93

0.88

0.79

0.72

60

1.70

1.52

1.35

1.29

1.27

1.23

1.16

1.02

138

1.89

1.71

1.63

1.56

1.52

1.48

1.38

1.26

60

1.97

1.81

1.73

1.67

1.61

1.56

1.52

1.39

62

2.33

2.20

2.08

2.04

2.00

1.98

1.88

1.70

40

2.43

2.25

2.15

2.09

2.06

2.03

1.85

1.71

50

2.66

2.43

2.40

2.29

2.25

2.22

2.11

1.95

45

3.05

2.89

2.75

2.64

2.60

2.56

2.44

2.28

33

2.84

2.68

2.60

2.58

2.56

2.56

2.47

2.35

29

2.95

2.75

2.71

2.66

2.61

2.55

2.48

2.38

12

2.95

2.72

2.66

2.56

2.53

2.50

2.37

2.31

25

3.13

3.03

2.98

2.93

2.91

2.85

2.74

2.55

21

2.66

2.61

2.46

2.38

2.30

2.29

2.17

2.03

16

3.52

3.28

3.25

3.14

3.07

3.04

2.92

2.85

21

3.47

3.24

3.11

3.05

2.99

2.98

2.88

2.74

21

2.70

2.54

2.44

2.43

2.42

2.39

2.35

2.23

10

3.32

3.27

3.07

3.01

3.00

3.00

2.78

2.74

17

3.37

3.24

3.13

3.11

3.08

3.03

2.92

2.74

15

2.93

2.78

2.72

2.71

2.62

2.51

2.40

2.32

10

3.06

2.97

2.89

2.77

2.73

2.72

2.67

2.62

10

4.35

4.14

4.12

3.95

3.89

3.89

3.69

3.51

14

3.32

3.16

3.10

3.05

2.96

2.93

2.87

2.68

14

4.63

4.45

4.31

4.24

4.24

4.08

3.98

3.76

5

2.90

2.87

2.82

2.72

2.72

2.71

2.64

2.64

910

2.20

2.04

1.95

1.90

1.86

1.83

1.73

1.62