Tool names | Retrieving molecules | Pretreating molecules | Chemical descriptors/fingerprints | Protein descriptors | DNA/RNA descriptors | Interaction descriptors |
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PyBioMed | √ | √ | √ | √ | √ | √ |
PyDPI |  |  | √ | √ |  | √ |
ChemoPy |  |  | √ |  |  |  |
Cinfony |  |  | √ |  |  |  |
RDKit |  | √ | √ |  |  |  |
CDK |  |  | √ |  |  |  |
rcdk |  |  | √ |  |  |  |
PaDEL |  |  | √ |  |  |  |
BioJava | √ | √ |  | √ |  |  |
Rcpi |  |  | √ | √ |  | √ |
ChemmineR | √ |  | √ |  |  |  |
Propy |  |  |  | √ |  |  |
RepDNA |  |  |  |  | √ |  |