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Table 3 Prediction performance for each target class in all-target class and class-specific experiments

From: LigTMap: ligand and structure-based target identification and activity prediction for small molecular compounds

  LigTMap score (MM) LigTMap score (MMD) LigTMap score (MM-CS) LigTMap score (MMD-CS)
Top 10 F1 Score Top 10 F1 Score Top 10 F1 Score Top 10 F1 Score
Validation set
 Kinase 0.52 0.20 0.54 0.16 0.55 0.32 0.56 0.19
 Beta-secretase 0.97 0.29 0.97 0.23 1.00 0.54 1.00 0.42
 Bromodomain 0.79 0.25 0.82 0.25 0.91 0.63 0.88 0.55
 Carbonic anhydrase 0.74 0.19 0.72 0.23 0.74 0.29 0.72 0.28
 Ligase 0.72 0.34 0.72 0.23 0.72 0.72 0.72 0.4
 HIV 0.79 0.14 0.83 0.13 0.83 0.18 0.85 0.17
 TB 0.49 0.53 0.21 0.20 0.62 0.58 0.44 0.42
Benchmark set
 Kinase 0.67 0.15 0.72 0.13 0.89 0.23 0.72 0.22
 Beta-secretase 0.89 0.42 1.00 0.28 0.95 0.49 0.95 0.30
 Bromodomain 0.89 0.27 0.95 0.33 0.95 0.72 0.95 0.70
 Carbonic anhydrase 1.00 0.54 1.00 0.60 1.00 0.81 1.00 0.85
 Ligase 0.00 0.00 0.00 0.00 0.20 0.00 0.20 0.00
 HIV 0.80 0.29 0.80 0.31 1.00 0.83 1.00 0.93
 TB 0.18 0.13 0.09 0.01 0.91 1.49 0.91 0.08