Skip to main content

Advertisement

Table 3 Summary statistics per-AID for shape-Tanimoto (ST) optimized 3-D similarity.

From: PubChem3D: Biologically relevant 3-D similarity

  XT=STST-opt XT=CTST-opt XT=ComboTST-opt
  Y=NN Y=NI Y=NN-NI Y=NN Y=NI Y=NN-NI Y=NN Y=NI Y=NN-NI
μ[μ(XT Y )]          
Screening 0.58 0.57 0.01 0.09 0.09 0.01 0.67 0.65 0.02
Confirmatory 0.58 0.57 0.01 0.11 0.09 0.02 0.70 0.66 0.03
Summary 0.67 0.64 0.03 0.35 0.25 0.10 1.01 0.88 0.13
Other 0.58 0.56 0.02 0.11 0.09 0.03 0.69 0.64 0.05
Unspecified 0.56 0.56 0.00 0.07 0.07 0.00 0.63 0.62 0.00
All 0.58 0.57 0.01 0.11 0.09 0.02 0.69 0.66 0.03
σ[μ(XT Y )]          
Screening 0.04 0.03 0.02 0.04 0.05 0.02 0.07 0.07 0.04
Confirmatory 0.05 0.04 0.03 0.08 0.05 0.05 0.12 0.08 0.07
Summary 0.13 0.10 0.05 0.26 0.19 0.17 0.39 0.29 0.22
Other 0.06 0.05 0.03 0.06 0.04 0.04 0.10 0.09 0.06
Unspecified 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.04 0.03 0.03
All 0.05 0.04 0.03 0.07 0.05 0.04 0.11 0.08 0.06
μ[σ(XT Y )]          
Screening 0.10 0.09 0.00 0.07 0.06 0.00 0.15 0.13 0.01
Confirmatory 0.11 0.11 0.01 0.10 0.07 0.01 0.19 0.16 0.01
Summary 0.12 0.11 0.02 0.19 0.17 0.04 0.30 0.26 0.06
Other 0.11 0.10 0.01 0.11 0.08 0.01 0.20 0.15 0.01
Unspecified 0.14 0.14 0.01 0.08 0.07 0.00 0.19 0.18 0.01
All 0.11 0.10 0.01 0.09 0.07 0.01 0.17 0.15 0.01
σ[σ(XT Y )]          
Screening 0.01 0.01 0.01 0.04 0.03 0.01 0.05 0.04 0.02
Confirmatory 0.02 0.03 0.01 0.06 0.04 0.02 0.07 0.06 0.02
Summary 0.05 0.03 0.03 0.13 0.09 0.06 0.18 0.11 0.09
Other 0.03 0.03 0.01 0.07 0.05 0.02 0.08 0.07 0.02
Unspecified 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.00 0.03 0.02 0.01
All 0.02 0.03 0.01 0.06 0.04 0.02 0.07 0.05 0.02
  1. The overall average (μ) and standard deviation (σ) of the AID-specific average and standard deviation for noninactive-noninactive (NN) pairs and noninactive-inactive (NI) pairs of 1,389 AIDs in the PubChem BioAssay database.