Table 10 Average test set MSE of the best-performing D-MPNN models for each representation and dataset
From: Extended study on atomic featurization in graph neural networks for molecular property prediction
Representation | Rat \(\downarrow\) | Human \(\downarrow\) | QM9 \(\downarrow\) | ESOL (random) \(\downarrow\) | ESOL (scaffold) \(\downarrow\) |
|---|---|---|---|---|---|
F A | 0.192 0.187 | 0.204 0.220 | 0.022 1892.635 | 0.113 0.117 | 0.181 0.193 |
A + N A + H A + C A + R A + A | 0.189 0.191 0.193 0.184 0.198 | 0.208 0.200 0.218 0.197 0.214 | 356.488 0.017 0.030 1828.198 0.040 | 0.112 0.111 0.100 0.107 0.130 | 0.177 0.168 0.177 0.169 0.215 |
F-N F-H F-C F-R F-A | 0.187 0.197 0.192 0.187 0.196 | 0.212 0.207 0.203 0.201 0.202 | 5.667 0.023 0.023 0.022 0.025 | 0.120 0.112 0.114 0.111 0.116 | 0.194 0.169 0.197 0.200 0.174 |